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Chthamalus montagui è un crostaceo cirripede con areale di distribuzione geografica ampio, comprendente le coste dell’Atlantico orientale, dal nord della Gran Bretagna alle isole di Capo Verde, e gran parte dei bacini del Mediterraneo e del Mar Nero. Il suo habitat include la zona intertidale delle coste rocciose. Le sue larve, con vita pelagica di 2-4 settimane, gli conferiscono un’elevata capacità di dispersione.
Questa tesi ha lo scopo di indagare la struttura genetica della specie tramite l’uso del sequenziamento di 550bp della regione del DNA mitocondriale codificante per la COI (subunità I della citocromo c ossidasi).
Inizialmente è stato effettuato uno studio pilota che ha previsto l’analisi di tre campioni di C. montagui geograficamente distanti: Biarritz nell’Oceano Atlantico orientale (N=24), Malta nel Mediterraneo centrale (N=24) e Sozopol nel Mar Nero (N=24). Tutto questo al fine di stabilire l’efficacia del marcatore molecolare scelto per la risoluzione del problema filogeografico da affrontare. I primi risultati hanno mostrato un elevato grado di divergenza genetica tra campioni, indicando come la COI sia un marcatore adatto a questo tipo di indagini. Lo studio sta proseguendo tramite l’analisi di campioni provenienti da altre 10-11 località.
L’attività di laboratorio ha previsto la verifica della qualità del DNA, estratto in uno studio precedente, tramite corsa elettroforetica su gel d’agarosio all’1%. Ove necessario si è proceduto all’estrazione di DNA ex novo tramite il metodo del “Salting Out”. Una volta eseguite le opportune diluizioni del DNA estratto, si è proceduto ad amplificare la porzione della COI (circa 550bp) tramite PCR utilizzando i primer universali di Folmer et al. (1994). L’esito dell’amplificazione è stato poi verificato tramite corsa elettroforetica. I prodotti amplificati sono stati quindi purificati tramite precipitazione con etanolo e inviati ad un servizio esterno di sequenziamento. Si è quindi proceduto all’analisi dei cromatogrammi previa revisione delle sequenze.
Una volta completate le analisi di laboratorio attualmente in corso saranno effettuate le analisi statistiche per i) stimare la variabilità genetica intra-campione (diversità aplotipica, diversità nucleotidica, numero efficace di aplotipi); ii) stimare la divergenza genetica tra i campioni (F-statistica, stime di flusso genico, albero degli aplotipi, network degli aplotipi, test Bayesiano di assegnazione individuale, test per la valutazione del modello dell'isolamento da distanza); iii) inferire sulla demografia storica (distribuzioni mismatch, Fs di Fu, R2 di Ramos-Onsins & Rozas). I risultati di queste analisi forniranno informazioni nuove sulla genetica di popolazione di C. montagui dall’intero areale di distribuzione.
Infine i risultati del presente lavoro saranno confrontati ed integrati con quelli ottenuti in ricerche precedenti che hanno impiegato marcatori microsatellitari sugli stessi individui di C. montagui provenienti dalle stesse località, in modo da comparare l’efficacia dei due marcatori ed indagare più a fondo la struttura genetica della specie.