• RT--PCR realtime
• ipossia
• Arabidopsis thaliana
• anossia

Dai risultati di uno studio compiuto sul trascrittoma di Arabidopsis thaliana in condizioni anossiche sono stati identificati alcuni geni che mostrano una rapida e significativa induzione in seguito all’abbassamento delle concentrazioni dell’ossigeno disponibile nell’ambiente (Loreti et al 2005, Gonzali et al. 2005)
Al fine di comprendere quali strategie di tolleranza vengano attuate dalla pianta in condizioni anossiche tali geni sono stati raggruppati in classi funzionali; tuttavia una larga parte delle sequenze è rimasta esclusa in quanto non le è ancora stata assegnata una funzione. Nel contempo anche per geni la cui funzione biochimica è già nota non è sempre chiaro il ruolo assunto nel processo di tolleranza dello stress. Inoltre un quadro complessivo delle strategie di tolleranza non può essere delineato senza prima comprendere i meccanismi regolativi che sovrintendono a tale fenomeno.
Il presente lavoro è consistito, dunque, una preliminare caratterizzazione di dieci tra i geni risultati essere maggiormente espressi nella precedente analisi trascrittomica. Lo studio di tali geni è proceduto contemporaneamente su due livelli, uno maggiormente improntato sulla ricerca bioinformatica e l’altro basato prettamente sull’approccio sperimentale.
Innanzitutto sono stati selezionati mutanti omozigoti di Arabidopsis per i geni precedentemente individuati ed è stato verificato che tali mutazioni determinassero realmente la perdita dell’espressione dei geni di interesse. Inizialmente è stata portata avanti una ricerca in banche dati di elementi, caratteristici delle sequenze selezionate, che potessero costituire utili linee guida nella progettazione dell’approccio sperimentale. E’ stata perciò presa in esame sia la sequenza nucleotidica dei geni che la relativa sequenza peptidica e, sulla base di queste, sono state svolte ricerche di similarità ed omologia sia globali che locali. Contemporaneamente sono state compiute analisi sia di tipo molecolare (localizzazione dell’espressione del gene di interesse e analisi dell’espressione di geni noti marcatori di condizioni anossiche) che fisiologiche (valutazione della tolleranza allo stress anossico ed ipossico, osservazione di alterazioni morfo-fisiologiche in aria ed in anossia) per caratterizzare il fenotipo di tali mutanti.